Pathologie moléculaire
Les techniques de pathologie moléculaire sont utilisées pour mettre en évidence des altérations moléculaires spécifiques à une pathologie, le plus souvent cancéreuse. Cette discipline permet de préciser le diagnostic, le pronostic ou d’orienter la prise en charge thérapeutique du patient.
Ces dernières années, le nombre d'altérations moléculaires à tester a considérablement augmenté alors que les prélèvements réalisés sont de plus petite taille (matériel biopsique ou cytologique), apportant un nouveau défi pour le pathologiste, à savoir un diagnostic morphologique précis ainsi qu'une caractérisation moléculaire de la tumeur sur des échantillons de plus en plus petits. De plus, les résultats doivent être donnés dans des délais les plus courts possibles afin que les patients puissent bénéficier rapidement du traitement adéquat.
Le rôle diagnostique de la pathologie moléculaire est crucial, l’intégration des altérations moléculaires au diagnostic anatomopathologique constituant un tournant majeur de cette spécialité. Jour après jour, de nouvelles entités diagnostiques sont définies par des altérations moléculaires spécifiques qui doivent être intégrées aux données cliniques et morphologiques classiques pour offrir au patient un diagnostic le plus adéquat possible.
Concernant la prise en charge thérapeutique du patient (rôle théranostique), la pathologie moléculaire est un des piliers de la médecine de précision. En effet, l’identification d’altérations moléculaires spécifiques permet d’offrir aux patients une thérapie ciblée. L’application théranostique de la pathologie moléculaire a connu un essor considérable ces dernières années grâce au développement exponentiel des thérapies ciblées.
Conscients de ces nouveaux besoins, nous avons développé au sein du Laboratoire d'Anatomie Pathologique, un secteur de pathologie moléculaire dédié à la pathologie cancéreuse. Les méthodes d'investigation génomique dont l'hybridation in situ (ISH) ainsi que les techniques de PCR (PCR, IdyllaTM, qPCR, PCR digitale…) sont actuellement disponibles pour identifier ces biomarqueurs. Le laboratoire d'anatomie pathologique a également implémenté la technologie de Séquençage de Nouvelle Génération (NGS) qui nous permet d'optimiser la caractérisation moléculaire des tumeurs. En effet, à partir des tissus enrobés en paraffine et d'échantillons tumoraux de petite taille, il est possible d'étudier la présence de mutations de plusieurs dizaines de gènes impliqués dans la cancérogenèse. Cette technique en évolution constante aide au quotidien à l'approche personnalisée de la prise en charge des patients cancéreux.
Les domaines d'application de ces tests moléculaires sont repris ci-dessous.
Pour toute demande d'examen, vous pouvez compléter les formulaires ad hoc :
- Demande d’analyse de Biologie Moléculaire et Immunohistochimie
- Demande de Recherche de mutation du gène EGFR sur ADN tumoral circulant
* Ces tests sont réalisés sous couvert du certificat d'accréditation BELAC n°727-MED, conformément à la norme ISO 15189.
Liste des 22 gènes analysés dans le Colon and Lung Panel : AKT1, ALK, BRAF, CTNNB1, DDR2, EGFR, ERBB2, ERBB4, FBXW7, FGFR1, FGFR2, FGFR3, KRAS, MAP2K1, MET, NOTCH1, NRAS, PIK3CA, PTEN, SMAD4, STK11, TP53
Liste des 25 gènes analysés dans l’Oncomine Solid Tumor Panel : les 22 gènes du Colon and Lung Panel + HRAS, KIT, PDGFRA
Liste des 50 gènes analysés dans le Cancer Panel : ABL1, AKT1, ALK, APC, ATM, BRAF, CDH1, CDKN2A, CSF1R, CTNNB1, EGFR, ERBB2, ERBB4, EZH2, FBXW7, FGFR1, FGFR2, FGFR3, FLT3, GNA11, GNAQ, GNAS, HNF1A, HRAS, IDH1, IDH2, JAK2, JAK3, KDR, KIT, KRAS, MET, MLH1, MPL, NOTCH1, NPM1, NRAS, PDGFRA, PIK3CA, PTEN, PTPN11, RB1, RET, SMAD4, SMARCB1, SMO, SRC, STK11, TP53, VHL
Liste des 39 gènes analysés dans le Clinical Glioma Panel : ACVR1, ATRX, BRAF, CDK4, CDK6, CDKN2A, CDKN2B, EGFR, FGFR1, FGFR2, FGFR3, H3F3A (=H3.3), H3F3B,HIST1H3B (=H3C2), HIST1H3C (=H3C3), HRAS, IDH1, IDH2, KRAS, MDM2, MDM4, MYCN, NF1, NF2, NRAS, PDGFRA, PIK3CA, PIK3R1, POLD1, POLE, PPM1D, PRKCA, PTEN, PTPN11, RB1, TERT, TP53, TSC1, TSC2
Liste des 27 gènes analysés dans le Thyroid Panel : AKT1, APC, AXIN1, BRAF, CDH1, CDKN2A, CHEK2, CTNNB1, EGFR, EIF1AX, FLT3, GNAS, HRAS, IDH1, KRAS, NRAS, PIK3CA, PPM1D, PRKAR1A, PTEN, RASAL1, RET, SMAD4, TERT, TP53, TSHR, VHL
Panel Fusion ONCOMINE FOCUS RNA (OFA) : détection de 271 transcrits de fusion impliquant 23 gènes : ABL1, AKT3, ALK, AXL, BRAF, EGFR, ERBB2, ERG, ETV1, ETV4, ETV5, FGFR1, FGFR2, FGFR3, MET, NTRK1, NTRK2, NTRK3, PDGFRA, PPARG, RAF1, RET, ROS1
Panel Thyroid Fusion : détection de 66 transcrits de fusion impliquant 7 gènes : ALK, BRAF, THADA, NTRK1, NTRK3, PPARG, RET
Panel Fusion sarcome : détection de transcrits de fusion impliquant 61 gènes : LK, BCOR, BRAF, CAMTA1, CCNB3, CIC, CSF1, EGFR, EPC1, ERG, ESR1, ETV1, ETV4, ETV5, ETV6, EWSR1, FGFR1, FGFR2, FGFR3, FOS, FOSB, FOXO1, FUS, GLI1, HMGA2, JAZF1, MBTD1, MDM2, MEAF6, MET, MGEA5, MKL2, NCOA1, NCOA2, NCOA3, NR4A3, NTRK1, NTRK2, NTRK3, NUTM1, PAX3, PDGFB, PDGFRA, PHF1, PLAG1, PRKCA, PRKCB, PRKCD, RAF1, RET, ROS1, SS18, STAT6, TAF15, TCF12, TFE3, TFG, USP6, VGLL2, YAP1, YWHAE.